يتميز الدكتور مصطفى أحمد شحاتة بخبرة واسعة تزيد عن 25 عاماً في علاج مجموعة واسعة من الاضطرابات مثل الارتجاع الحمضي، واضطرابات حركة الأمعاء، وأمراض المريء، وصعوبات البلع، وجراثيم المعدة، ومتلازمة القولون العصبي، والإمساك المزمن، وأمراض الكبد الدهنية، وأمراض حساسية الجهاز الهضمي (حساسية القمح). وهو عضو هيئة تدريس في كلية الطب في جامعة الخليج العربي، وبرنامج الزمالة في طب أمراض الجهاز الهضمي لدى البورد العربي. بالإضافة إلى ذلك، يساهم الدكتور مصطفى مساهمة فعّالة في تدريب وتعليم الأطباء المقيمين وأطباء زمالة الجهاز الهضمي وطلبة الطب. كما يقوم بعمليات إدخال أنبوب التغذية عن طريق فغر المعدة، وإجراء تنظير الجهاز الهضمي العلوي والسفلي لأغراض التشخيص والعلاج.